Der häufigste Keim, der in den Atemwegen bei Mukoviszidose vorkommt, ist Pseudomonas aeruginosa. Pseudomonaden findet man vor allem in feuchter Umgebung, insbesondere in feuchten Biotopen und stehendem Wasser, aber auch in der Lunge des Menschen.
Sie können von Mensch zu Mensch übertragen werden, weswegen in Kliniken darauf geachtet werden muss, Pseudomonas aeruginosa-positive Patienten von anderen Mukoviszidose-Patienten zu trennen. Pseudomonas aeruginosa hat die Fähigkeit, einen Biofilm zu bilden, in dem die Bakterien sich zusammenlagern und, in einer gelatineartigen Schutzschicht eingebettet, die Angriffe von Immunsystem und Antibiotika überleben.
Frühe und akute Infektionen mit Pseudomonaden lassen sich gut mit Antibiotika behandeln. Deshalb müssen Patienten mit Mukoviszidose regelmäßig auf Pseudomonaden untersucht werden, um die Infektion früh zu erkennen und zu behandeln. Haben sich die Bakterien in ihrem Biofilm in der Lunge eingenistet, werden die Patienten meist von wiederkehrenden Infektionen heimgesucht (chronische Infektion), die durch das Auftreten von Resistenzen zunehmend schwieriger zu behandeln sind und die Lungenfunktion langfristig beeinträchtigen.